生物质锅炉烟气的处理一般采用一级多管旋风除尘+布袋除尘器+出灰系统基本形式。
花生壳、秸秆、木屑、稻壳、玉米杆、树皮等等生物质烧料不可能在锅炉内完全燃烧，整个除尘系统的设计一般为一级多管旋风除尘器加袋式除尘器的配置，在袋式除尘器前设置旋风分离器作为燃烧沉降室，旋风除尘器可捕集颗粒径为5um以上的粉尘，允许进口含尘浓度为1000g/m3，温度450度，进口气流速度12-20m/s，阻力损失700pa-900pa，除尘效率50%-90%。
大颗粒的粉尘及火星经过旋风除尘器捕捉以后进入布袋除尘器进一步除尘，布袋除尘器滤袋的选择要根据烟气的温度，燃料的特点，排放等不同的要求选择不同材质的滤袋，布袋除尘器的阻力损失一般在800-1500pa，除尘效率比较高。
保护系统的设计。在锅炉出现异常情况时，须对布袋除尘器设置旁路进行保护。旁路通常有两种，一种采用外置旁路形式，另一种采用内置旁路形式。在旁路接入口设气动提升阀或电动执行机构，并纳入自动控制系统和手动启闭。旁路风门的筏板要求密封，关闭时要求做到无泄漏。除尘系统设置旁路管道，在锅炉投油、烟温异常等状态下使烟气经旁路管道排放而不经过滤袋，从而有效保护的除尘器。